Jaap van Duijn was van 1983 tot 2005 verbonden aan de Robeco Groep, waar hij als Chief Investment Officer vanaf 1988 verantwoordelijk was voor de financiële beleggingen van de groep. Van 1995 tot 2003 was hij tevens fondsmanager van het wereldwijde aandelenfonds Robeco NV. Voor hij tot de directie van de Robeco Groep toetrad, was Van Duijn hoogleraar algemene economie aan de Interfaculteit Bedrijfskunde in Delft. Tijdens zijn Robeco-tijd was hij buitengewoon hoogleraar in de praktische aspecten van de beleggingstheorie aan achtereenvolgens de Universiteit van Amsterdam en de Erasmus Universiteit Rotterdam.

Van Duijn studeerde economie aan de Nederlandse Economische Hogeschool, waar hij in 1968 cum laude afstudeerde. Hij promoveerde in 1972 aan de University of Illinois in Urbana-Champaign, Ill. Van 1981 tot zijn overgang naar Robeco was hij kroonlid van de SER.

Jaap van Duijn is macro-econoom en heeft veel gepubliceerd over conjunctuurbewegingen, de Kondratieff Cyclus, innovatie en economische politiek. Recente boeken zijn De groei voorbij (De Bezige Bij, 2007) en De schuldenberg (De Bezige Bij, 2011). Van Duijn was columnist voor NRC Handelsblad en het Algemeen Dagblad en schrijft sinds 2005 de zaterdag-column voor De Financiële Telegraaf. Hij is actief als bestuurder (onder meer bij het Nationaal Groenfonds en het Zuid-Hollands Landschap) en toezichthouder (bij beursgenoteerde ondernemingen Value8 en Charlemagne Capital).