Eelke de Jong was van augustus 1994 tot oktober 2021 hoogleraar Internationale Economie aan de Radboud Universiteit Nijmegen. Sinds 29 oktober 2021 is hij emeritus hoogleraar aan deze universiteit. Daarvoor werkte hij aan de Rijksuniversiteit Groningen en aan de Universiteit van Amsterdam. In het voorjaar van 1994 was hij als gastdocent verbonden aan het Centre for Economic Research and Graduate Education van de Karelsuniversiteit te Praag. Hij heeft onderzoek gedaan op het terrein van de internationale monetaire en financiële economie. Behandelde onderwerpen zijn: mandvaluta, wisselkoersen en de positie van ontwikkelingslanden.
Sinds 2000 houdt hij zich vooral bezig met de rol van waarden en normen (cultuur) op economische instituties en economische prestaties. Hierover heeft hij in 2009 het leerboek Culture and Economics: On values, economics and international business geschreven. In november 2021 is het door hem geredigeerde boek Economic Ideas, Policy and National Culture: A comparison of three market economies bij Routledge verschenen. Dit boek betoogt dat binnen landen er een verwantschap is tussen dominante economische theorieën, belangrijke waarden onder de bevolking en (de argumentatie voor) het gevoerde beleid. Hiertoe worden de Verenigde Staten, Duitsland en Frankrijk vergeleken als representanten van een vrije markteconomie, een gecoördineerde markteconomie en een hiërarchische markteconomie.
Hij is lid van het bestuur van het Thijmgenootschap, dat publicaties uitgeeft en symposia organiseert over verschillende wetenschappelijke onderwerpen. Waar mogelijk wordt hierin een verband gelegd tussen levensbeschouwing en wetenschap. Ook is hij lid van de redactieraad van Christen Democratische Verkenningen en van de Adviesraad Rijnlands Denken en Doen. Hij publiceert regelmatig in dagbladen.